电化学抑制器的结构有点类似旋转式填充抑制系统，但其实际只有一根抑制柱，其余二个对应的较细的柱子并不装填抑制树脂。在分析时，A管中充填着抑制胶，B、C二个管路处于停顿状态。
当分析结束准备进入第二个样分析时，A管转到原来的B管的位置，这时在水压的作用下，来自抑制胶储瓶的水由B管通过连接管路进入A管，将使用过的抑制胶排到废液管路，这时来自色谱柱的淋洗液不经过抑制胶的A管，在色谱图上会出现很大的系统峰，是不抑制的淋洗液造成的。
当A管中使用过的抑制胶被排出后，转到填装位置，来自抑制胶储瓶中的抑制胶在水压的作用下，重新充填满A管，充填结束后转到分析位置，准备分析下一个样品。
在第一个样品和第二个样品之间由于更换抑制胶需要一定的时间来平衡，采用自动进样方式比较合适。
电化学抑制器的维护：
可以视为离子色谱的关键部件，它在整个离子色谱系统中起化学放大作用，在降低背景电导率率的同时，提高样品的电导率。
（1）避免在停留状态下开启抑制电流。在开启抑制电流前，一定要确保有流动相流过抑制器。实际操作中，需要在抑制器的再生液出口看到淋洗液流出时，方可开启抑制电流，防止过热和烧干抑制器，引起抑制器中离子交换膜的损伤。
（2）确保抑制器用前活化。对新买的和长时间未使用的抑制器，在使用前应让抑制器充分水化20min，然后再使用。另外，在保存抑制器时，要注入一定量的酸或碱（阴离子抑制器注入酸，阳离子抑制器注入碱），保护膜不干燥，延长使用寿命。
（3）确保抑制器的工作压力。由离子交换膜材料制备而成的，过高的压力会使膜穿透，从而损坏抑制器。
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