离子色谱样品预处理柱利用填料技术。此类小柱基于固相萃取原理开发，采用高洁净度填料，利用反相吸附和离子交换原理，可有效去除样品中的有机物和杂质离子等杂质，避免了杂质对离子色谱柱的污染和对分离效果的影响。
离子色谱样品预处理柱应遵循如下原则。
1）为了使柱床的处理效果达到理想的目的，应该按照推荐的流速使样品溶液通过样品前处理柱。对于基于吸附原理的样品前处理过程，只有当样品溶液的流速小时柱床才能获得有效的利用；而对于基于离子交换原理的样品前处理过程，只有当样品溶液的流速小时，柱床才能获得有效的利用。而当处理的样品溶液的量小于他的容量时，则过样速度可适当加大。
2）不管是处理样品溶液还是标准溶液，都应该将开始的流出液弃去不用。例如，将样品溶液加入注射器中后，应该将开始先流出的流出液弃去后，再收集下边的流出液，用来进样进行离子色谱测定。
3）在使用手动进行样品预处理时，为了对样品前处理柱提供必要的压力，应该使用注射器。
4）为了除去离子色谱样品预处理柱上的微量离子性污染物并对柱填料进行预处理，应该在使用前按照合适体积的去离子水或其他适当的溶剂对其进行冲洗。
当进行低浓度分析物的样品前处理时，应该先按照推荐的方法对处理柱进行冲洗。然后再用去离子水冲洗，并将此过柱液注入注射进样进行离子色谱的空白实验。如果空白值太大，表明冲洗不够充分，此时应该对柱进行重新冲洗并测定空白进行检验。
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